11SFBM - Cvičení


Analýza více struktur, přeložení

V případě, kdy existuje více struktur jedné molekuly v různých stavech, je strukturní přeložení celých řetězců či jejich částí významným pomocníkem při analýze strukturních změn, ke kterým může docházet z různých důvodů. Důležité je zde zmínit, že vhodná volba úseků určených pro strukturní přeložení může hrát významnou roli při identifikaci strukturních změn.

- Vyhledejte v databázi PDB všechny struktury Fc fragmentu imunoglobulinu publikované autorem Krapp S. Vynechejte struktur s PDB kódem 1H3W.

- Do výčtu přidejte strukturu Fc fragmentu myšího imunoglobulinu IgG2b.

Přeložení jednotlivých struktur lze v PyMOLu realizovat pomocí příkazu align (align pohybliva_struktura, cilova_struktura). Přeložte všechny struktury lidského IgG1-Fc s myším IgG2b-Fc.

- Proveďte přeložení celých struktur dimerů Fc fragmentu a vytvořte obrázek prvků sekundární struktury s barevně odlišenými strukturami.

- Proveďte přeložení s užitím pouze jedné z CH2 domén jednotlivých Fc fragmentů a vytvořte druhý obrázek.

- Diskutujte pozorované strukturní změny.

K diskuzi pozorovaných změn může pomoci tabulka vzdáleností bodů, které vhodně charakterizují pohyby domén.

- Vytvořte tabulku, ve které porovnáte vzdálenosti mezi glykosylovanými rezidui.

 

Vytvořil petr.kolenko - 2016.