11SFBM - Cvičení


Interakce protein - DNA

Cílem této úlohy je analýza struktury s PDB kódem 1LMB.

- Pomocí informací uvedených na stránkách PDB zjistěte, o jaké molekuly se jedná.

- Vytvořte přehledný obrázek struktury s PDB kódem 1LMB pomocí zabarvených prvků sekundární struktury proteinu, úsek DNA ponechejte v tyčinkové reprezentaci. Barevně odlište různé řetězce bílkovin. Úsek DNA znázorněte pomocí tyčinkového modelu s pozměněnými barvami pro atomy uhlíku pro oba dva řetězce (např. šedá a žlutá). Do obrázku zaznačte 5’ a 3’ konce řetězců DNA.

- Jaký strukturní motiv je použit k vazbě na molekulu DNA? Do kterého zářezu se molekula váže a jakým prvkem sekundární struktury? Je tento způsob vazby stejný ve všech řetězcích bílkoviny?

Nyní se pokusíme analyzovat jednotlivé vazebné interakce mezi řetězci bílkoviny a molekuly DNA. Zvolte si libovolně jeden proteinový řetězec a analyzujte jeho vazebné interakce s DNA.

- Vytvořte detailní obrázek této interakce se zaměřením na vodíkové vazby protein:DNA. Interagující rezidua proteinového řetězce zobrazce v tyčinkové reprezentaci.

- Kolik vodíkových vazeb na molekulu DNA je pozorováno u vámi zvoleného řetězce proteinu?

- Jsou tyto vazby směřovány pouze na jediný řetězec DNA, nebo na oba dva?

- Pozorujete nějaké jiné vazby, např. hydrofobní interakce?

 

Vytvořil petr.kolenko - 2016.