Cílem této úlohy je analýza struktury s PDB kódem 1LMB.
- Pomocí informací uvedených na stránkách PDB zjistěte, o jaké molekuly se jedná.
- Vytvořte přehledný obrázek struktury s PDB kódem 1LMB pomocí zabarvených prvků sekundární struktury proteinu, úsek DNA ponechejte v tyčinkové reprezentaci. Barevně odlište různé řetězce bílkovin. Úsek DNA znázorněte pomocí tyčinkového modelu s pozměněnými barvami pro atomy uhlíku pro oba dva řetězce (např. šedá a žlutá). Do obrázku zaznačte 5’ a 3’ konce řetězců DNA.
- Jaký strukturní motiv je použit k vazbě na molekulu DNA? Do kterého zářezu se molekula váže a jakým prvkem sekundární struktury? Je tento způsob vazby stejný ve všech řetězcích bílkoviny?
Nyní se pokusíme analyzovat jednotlivé vazebné interakce mezi řetězci bílkoviny a molekuly DNA. Zvolte si libovolně jeden proteinový řetězec a analyzujte jeho vazebné interakce s DNA.
- Vytvořte detailní obrázek této interakce se zaměřením na vodíkové vazby protein:DNA. Interagující rezidua proteinového řetězce zobrazce v tyčinkové reprezentaci.
- Kolik vodíkových vazeb na molekulu DNA je pozorováno u vámi zvoleného řetězce proteinu?
- Jsou tyto vazby směřovány pouze na jediný řetězec DNA, nebo na oba dva?
- Pozorujete nějaké jiné vazby, např. hydrofobní interakce?