*** pdbcop.py (v0.4) *** Tuesday, January 23 2024 11:12:18 AM Verbosity: 3 Input file: /home/kolenpe1/soft/pdbcop/2rgs.cif Log file: pdbcop.log *** Atoms in chains *** A : 1940 B : 1961 C : 114 D : 112 *** Composition of AU *** Chain: Res/Nuc/Other/Wat: A : 206 / 0 / 0 / 257 B : 207 / 0 / 0 / 276 C : 0 / 0 / 9 / 0 D : 0 / 0 / 9 / 0 *** Alternatives and low occupancies *** Atoms in alternatives: 162 Low-occupancy atoms: 39 All atoms with non-zero occupancy: 201 Minimal occupancy: 0.01 Atoms with occupancy lower than 0.1: 2 Found in residues: A/VAL/266 A/ASP/269 List of reduced occupancies: A/CYS/261/SG--0.75 A/VAL/266/CG1--0.09 A/ASP/269/CA--0.01 A/GLU/318/CD--0.5 A/GLU/318/OE1--0.5 A/GLU/318/OE2--0.5 A/CYS/321/SG--0.75 A/CYS/367/SG--0.75 A/CYS/425/SG--0.75 B/CYS/261/SG--0.75 B/GLU/318/CD--0.5 B/GLU/318/OE1--0.5 B/GLU/318/OE2--0.5 B/CYS/321/SG--0.75 B/CYS/367/SG--0.75 B/CYS/425/SG--0.75 C/FUC/9/C1--0.8 C/FUC/9/C2--0.8 C/FUC/9/C3--0.8 C/FUC/9/C4--0.8 C/FUC/9/C5--0.8 C/FUC/9/C6--0.8 C/FUC/9/O2--0.8 C/FUC/9/O3--0.8 C/FUC/9/O4--0.8 C/FUC/9/O5--0.8 D/FUC/9/C1--0.8 D/FUC/9/C2--0.8 D/FUC/9/C3--0.8 D/FUC/9/C4--0.8 D/FUC/9/C5--0.8 D/FUC/9/C6--0.8 D/FUC/9/O2--0.8 D/FUC/9/O3--0.8 D/FUC/9/O4--0.8 D/FUC/9/O5--0.8 A/HOH/788/O--0.5 A/HOH/955/O--0.2 B/HOH/976/O--0.2 List of alternatives: A/HIS/292/CB(A)--0.65 A/HIS/292/CB(B)--0.35 A/HIS/292/CG(A)--0.65 A/HIS/292/CG(B)--0.35 A/HIS/292/ND1(A)--0.65 A/HIS/292/ND1(B)--0.35 A/HIS/292/CD2(A)--0.65 A/HIS/292/CD2(B)--0.35 A/HIS/292/CE1(A)--0.65 A/HIS/292/CE1(B)--0.35 A/HIS/292/NE2(A)--0.65 A/HIS/292/NE2(B)--0.35 A/GLU/294/CB(A)--0.5 A/GLU/294/CB(B)--0.5 A/GLU/294/CG(A)--0.5 A/GLU/294/CG(B)--0.5 A/GLU/294/CD(A)--0.5 A/GLU/294/CD(B)--0.5 A/GLU/294/OE1(A)--0.5 A/GLU/294/OE1(B)--0.5 A/GLU/294/OE2(A)--0.5 A/GLU/294/OE2(B)--0.5 A/LYS/322/CB(A)--0.65 A/LYS/322/CB(B)--0.35 A/LYS/322/CG(A)--0.65 A/LYS/322/CG(B)--0.35 A/LYS/322/CD(A)--0.65 A/LYS/322/CD(B)--0.35 A/LYS/322/CE(A)--0.65 A/LYS/322/CE(B)--0.35 A/LYS/322/NZ(A)--0.65 A/LYS/322/NZ(B)--0.35 A/HIS/386/CA(A)--0.5 A/HIS/386/CA(B)--0.5 A/HIS/386/CB(A)--0.5 A/HIS/386/CB(B)--0.5 A/HIS/386/CG(A)--0.5 A/HIS/386/CG(B)--0.5 A/HIS/386/ND1(A)--0.5 A/HIS/386/ND1(B)--0.5 A/HIS/386/CD2(A)--0.5 A/HIS/386/CD2(B)--0.5 A/HIS/386/CE1(A)--0.5 A/HIS/386/CE1(B)--0.5 A/HIS/386/NE2(A)--0.5 A/HIS/386/NE2(B)--0.5 A/GLU/389/CB(A)--0.35 A/GLU/389/CB(B)--0.65 A/GLU/389/CG(A)--0.35 A/GLU/389/CG(B)--0.65 A/GLU/389/CD(A)--0.35 A/GLU/389/CD(B)--0.65 A/GLU/389/OE1(A)--0.35 A/GLU/389/OE1(B)--0.65 A/GLU/389/OE2(A)--0.35 A/GLU/389/OE2(B)--0.65 A/GLU/418/CB(A)--0.65 A/GLU/418/CB(B)--0.35 A/GLU/418/CG(A)--0.65 A/GLU/418/CG(B)--0.35 A/GLU/418/CD(A)--0.65 A/GLU/418/CD(B)--0.35 A/GLU/418/OE1(A)--0.65 A/GLU/418/OE1(B)--0.35 A/GLU/418/OE2(A)--0.65 A/GLU/418/OE2(B)--0.35 A/ASP/421/CB(A)--0.5 A/ASP/421/CB(B)--0.5 A/ASP/421/CG(A)--0.5 A/ASP/421/CG(B)--0.5 A/ASP/421/OD1(A)--0.5 A/ASP/421/OD1(B)--0.5 A/ASP/421/OD2(A)--0.5 A/ASP/421/OD2(B)--0.5 A/LYS/439/CB(A)--0.65 A/LYS/439/CB(B)--0.35 A/LYS/439/CG(A)--0.65 A/LYS/439/CG(B)--0.35 A/LYS/439/CD(A)--0.65 A/LYS/439/CD(B)--0.35 A/LYS/439/CE(A)--0.65 A/LYS/439/CE(B)--0.35 A/LYS/439/NZ(A)--0.65 A/LYS/439/NZ(B)--0.35 B/SER/254/CB(A)--0.65 B/SER/254/CB(B)--0.35 B/SER/254/OG(A)--0.65 B/SER/254/OG(B)--0.35 B/GLN/274/N(A)--0.5 B/GLN/274/N(B)--0.5 B/GLN/274/CA(A)--0.5 B/GLN/274/CA(B)--0.5 B/GLN/274/C(A)--0.5 B/GLN/274/C(B)--0.5 B/GLN/274/O(A)--0.5 B/GLN/274/O(B)--0.5 B/GLN/274/CB(A)--0.5 B/GLN/274/CB(B)--0.5 B/GLN/274/CG(A)--0.5 B/GLN/274/CG(B)--0.5 B/GLN/274/CD(A)--0.5 B/GLN/274/CD(B)--0.5 B/GLN/274/OE1(A)--0.5 B/GLN/274/OE1(B)--0.5 B/GLN/274/NE2(A)--0.5 B/GLN/274/NE2(B)--0.5 B/SER/304/CB(A)--0.65 B/SER/304/CB(B)--0.35 B/SER/304/OG(A)--0.65 B/SER/304/OG(B)--0.35 B/LYS/326/CB(A)--0.35 B/LYS/326/CB(B)--0.65 B/LYS/326/CG(A)--0.35 B/LYS/326/CG(B)--0.65 B/LYS/326/CD(A)--0.35 B/LYS/326/CD(B)--0.65 B/LYS/326/CE(A)--0.35 B/LYS/326/CE(B)--0.65 B/LYS/326/NZ(A)--0.35 B/LYS/326/NZ(B)--0.65 B/LYS/416/CB(A)--0.65 B/LYS/416/CB(B)--0.35 B/LYS/416/CG(A)--0.65 B/LYS/416/CG(B)--0.35 B/LYS/416/CD(A)--0.65 B/LYS/416/CD(B)--0.35 B/LYS/416/CE(A)--0.65 B/LYS/416/CE(B)--0.35 B/LYS/416/NZ(A)--0.65 B/LYS/416/NZ(B)--0.35 B/GLU/418/CB(A)--0.65 B/GLU/418/CB(B)--0.35 B/GLU/418/CG(A)--0.65 B/GLU/418/CG(B)--0.35 B/GLU/418/CD(A)--0.65 B/GLU/418/CD(B)--0.35 B/GLU/418/OE1(A)--0.65 B/GLU/418/OE1(B)--0.35 B/GLU/418/OE2(A)--0.65 B/GLU/418/OE2(B)--0.35 B/LYS/438/CB(A)--0.65 B/LYS/438/CB(B)--0.35 B/LYS/438/CG(A)--0.65 B/LYS/438/CG(B)--0.35 B/LYS/438/CD(A)--0.65 B/LYS/438/CD(B)--0.35 B/LYS/438/CE(A)--0.65 B/LYS/438/CE(B)--0.35 B/LYS/438/NZ(A)--0.65 B/LYS/438/NZ(B)--0.35 C/MAN/4/C6(A)--0.65 C/MAN/4/C6(B)--0.35 C/MAN/4/O6(A)--0.65 C/MAN/4/O6(B)--0.35 C/GAL/6/C6(A)--0.65 C/GAL/6/C6(B)--0.35 C/GAL/6/O6(A)--0.65 C/GAL/6/O6(B)--0.35 D/MAN/4/C6(A)--0.65 D/MAN/4/C6(B)--0.35 D/MAN/4/O6(A)--0.65 D/MAN/4/O6(B)--0.35 *** Analysis of ADPs *** Overall ADP (ISO or equivalent): Minimal: 2.0 Maximal: 64.95 Average: 25.9 Chain: Min / Max / Av. ADP A: 8.27 / 64.95 / 26.0 B: 2.0 / 64.84 / 25.5 C: 14.91 / 54.89 / 27.9 D: 16.51 / 54.75 / 28.6 Atoms with overall ADP lower than 7.0 B/PHE/405/CD2--6.61 B/PHE/405/CZ--5.24 B/HOH/976/O--2.0 Atoms with overall ADP higher than 54.95 A/HOH/774/O--55.6 A/HOH/798/O--55.53 A/HOH/883/O--64.95 A/HOH/945/O--58.8 A/HOH/946/O--58.09 B/HOH/732/O--56.0 B/HOH/742/O--56.56 B/HOH/756/O--61.29 B/HOH/783/O--55.71 B/HOH/818/O--60.06 B/HOH/829/O--64.84 B/HOH/906/O--58.56 B/HOH/952/O--58.76 B/HOH/958/O--55.75